COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-24 17:00:00 12.559996 12.559996 14.636346
2021-04-23 17:00:00 14.922159 14.922159 14.773064
2021-04-22 17:00:00 14.445795 14.445795 14.963898
2021-04-21 17:00:00 13.482796 13.482796 15.101437
2021-04-20 17:00:00 12.713488 15.228805 15.208424
2021-04-19 17:00:00 17.300673 17.300673 15.482134
2021-04-18 17:00:00 15.612240 15.612240 15.727835

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-24 17:00:00 7.298881 7.298881 10.311532
2021-04-23 17:00:00 9.421586 9.421586 10.549261
2021-04-22 17:00:00 14.027694 14.027694 10.819232
2021-04-21 17:00:00 9.465738 9.465738 11.132006
2021-04-20 17:00:00 11.699931 11.699931 11.293598
2021-04-19 17:00:00 17.604356 5.958231 11.227752
2021-04-18 17:00:00 15.375447 15.375447 11.544161

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-24 17:00:00 21.536351 21.536351 22.327703
2021-04-23 17:00:00 23.020706 23.020706 22.427366
2021-04-22 17:00:00 23.276836 23.276836 22.745064
2021-04-21 17:00:00 16.398104 21.898734 23.154883
2021-04-20 17:00:00 18.527919 18.527919 23.457366
2021-04-19 17:00:00 20.796460 22.335025 23.183522
2021-04-18 17:00:00 25.978648 25.978648 23.683067

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-24 17:00:00 16.253361 16.253361 13.596531
2021-04-23 17:00:00 15.605014 12.049117 13.672820
2021-04-22 17:00:00 12.484472 12.484472 13.909557
2021-04-21 17:00:00 12.170543 12.170543 14.073639
2021-04-20 17:00:00 14.267597 14.267597 14.249191
2021-04-19 17:00:00 10.236220 14.102181 14.714232
2021-04-18 17:00:00 14.858841 14.858841 15.199757

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-24 17:00:00 10.898651 10.898651 11.361919
2021-04-23 17:00:00 12.517474 12.517474 11.396525
2021-04-22 17:00:00 10.968963 10.968963 11.518472
2021-04-21 17:00:00 12.595420 12.595420 11.678152
2021-04-20 17:00:00 15.835671 11.231989 11.885860
2021-04-19 17:00:00 18.620882 8.649420 12.161401
2021-04-18 17:00:00 11.403273 11.403273 12.341740

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-24 17:00:00 25.665102 25.665102 28.083616
2021-04-23 17:00:00 30.812169 30.812169 28.980444
2021-04-22 17:00:00 28.426682 28.426682 29.757092
2021-04-21 17:00:00 17.495396 17.495396 29.777801
2021-04-20 17:00:00 30.069078 30.069078 30.052939
2021-04-19 17:00:00 43.871936 43.871936 30.645691
2021-04-18 17:00:00 36.375618 36.375618 31.233432

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-24 17:00:00 10.548087 10.548087 11.481495
2021-04-23 17:00:00 12.133072 12.133072 11.207578
2021-04-22 17:00:00 11.462882 11.462882 11.415760
2021-04-21 17:00:00 12.632085 12.632085 11.544497
2021-04-20 17:00:00 12.539611 12.539611 11.437369
2021-04-19 17:00:00 7.878788 33.484848 11.464270
2021-04-18 17:00:00 8.738632 8.738632 11.516694

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-24 17:00:00 6.786384 6.786384 6.566027
2021-04-23 17:00:00 7.096362 7.096362 6.624445
2021-04-22 17:00:00 6.940547 6.940547 6.642663
2021-04-21 17:00:00 6.348078 6.348078 6.619359
2021-04-20 17:00:00 4.873428 6.449661 6.621316
2021-04-19 17:00:00 13.331462 5.166975 6.583535
2021-04-18 17:00:00 7.677112 6.085149 6.662824

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-24 17:00:00 12.590253 12.590253 12.339516
2021-04-23 17:00:00 13.909774 13.909774 12.358571
2021-04-22 17:00:00 12.286563 12.286563 12.490707
2021-04-21 17:00:00 12.377850 12.377850 12.633448
2021-04-20 17:00:00 12.559140 12.559140 12.580077
2021-04-19 17:00:00 14.701601 8.801743 12.682130
2021-04-18 17:00:00 15.677966 11.334792 12.864647

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-24 17:00:00 14.036898 14.036898 16.106033
2021-04-23 17:00:00 15.063746 15.063746 16.835804
2021-04-22 17:00:00 15.045574 15.045574 17.655776
2021-04-21 17:00:00 14.016191 14.016191 18.398653
2021-04-20 17:00:00 12.128695 12.128695 19.346791
2021-04-19 17:00:00 12.798425 26.495201 20.295918
2021-04-18 17:00:00 24.613260 24.613260 21.248559

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-24 17:00:00 12.494558 12.494558 13.616391
2021-04-23 17:00:00 14.386584 14.386584 13.515128
2021-04-22 17:00:00 13.412229 13.412229 13.528089
2021-04-21 17:00:00 14.248990 14.248990 13.642326
2021-04-20 17:00:00 11.961451 11.961451 13.550845
2021-04-19 17:00:00 13.550940 13.550940 13.118592
2021-04-18 17:00:00 15.588070 15.588070 13.169922

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-24 17:00:00 10.132159 10.132159 6.931020
2021-04-23 17:00:00 3.356890 3.356890 6.967359
2021-04-22 17:00:00 9.450830 9.450830 7.028669
2021-04-21 17:00:00 4.567541 8.303887 7.026413
2021-04-20 17:00:00 1.162791 1.162791 6.904225
2021-04-19 17:00:00 2.953586 2.953586 6.929716
2021-04-18 17:00:00 6.682578 6.682578 6.869644

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-24 17:00:00 6.614447 6.614447 5.493851
2021-04-23 17:00:00 5.919854 5.919854 5.295212
2021-04-22 17:00:00 7.947020 7.947020 5.097920
2021-04-21 17:00:00 9.298532 5.138662 4.954418
2021-04-20 17:00:00 4.108584 4.108584 4.907378
2021-04-19 17:00:00 3.300330 0.816993 4.829521
2021-04-18 17:00:00 7.385698 7.385698 4.870781

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-24 17:00:00 25.597270 25.597270 35.831646
2021-04-23 17:00:00 37.065637 37.065637 36.879156
2021-04-22 17:00:00 45.814978 45.814978 37.383750
2021-04-21 17:00:00 50.420168 50.420168 38.015919
2021-04-20 17:00:00 28.145695 28.145695 38.571482
2021-04-19 17:00:00 16.455696 33.976834 38.782051
2021-04-18 17:00:00 38.461538 38.461538 39.161937

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-24 17:00:00 12.299625 12.299625 15.574818
2021-04-23 17:00:00 18.421053 18.421053 15.668956
2021-04-22 17:00:00 21.028440 21.028440 15.841713
2021-04-21 17:00:00 16.583158 16.583158 16.082779
2021-04-20 17:00:00 14.785992 14.785992 16.108282
2021-04-19 17:00:00 39.528193 10.903031 15.924316
2021-04-18 17:00:00 26.267926 12.027546 16.255176

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-24 17:00:00 35.154062 35.154062 39.528971
2021-04-23 17:00:00 59.243697 59.243697 39.175509
2021-04-22 17:00:00 46.039845 46.039845 39.328424
2021-04-21 17:00:00 38.955275 38.955275 39.243508
2021-04-20 17:00:00 33.752860 33.752860 39.352073
2021-04-19 17:00:00 16.030744 16.030744 38.986388
2021-04-18 17:00:00 38.633615 38.633615 38.773463

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-24 17:00:00 8.710562 8.710562 9.345535
2021-04-23 17:00:00 8.800264 8.800264 9.382442
2021-04-22 17:00:00 9.185102 9.185102 9.314452
2021-04-21 17:00:00 10.535466 10.535466 9.172845
2021-04-20 17:00:00 8.666453 8.666453 9.152739
2021-04-19 17:00:00 11.086351 9.705975 9.205130
2021-04-18 17:00:00 11.097060 11.097060 9.220701

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-24 17:00:00 12.196480 12.196480 12.336877
2021-04-23 17:00:00 9.869468 9.869468 12.438940
2021-04-22 17:00:00 12.641003 12.641003 12.589540
2021-04-21 17:00:00 13.426457 13.426457 12.693760
2021-04-20 17:00:00 12.440399 12.440399 12.764825
2021-04-19 17:00:00 15.926819 15.926819 12.880089
2021-04-18 17:00:00 11.068944 11.068944 13.030728

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-24 17:00:00 10.217968 10.217968 10.805863
2021-04-23 17:00:00 10.783787 10.783787 11.034698
2021-04-22 17:00:00 11.855142 11.855142 11.232019
2021-04-21 17:00:00 11.457951 11.457951 11.466469
2021-04-20 17:00:00 9.274194 7.577808 11.629674
2021-04-19 17:00:00 18.681851 9.260149 11.655615
2021-04-18 17:00:00 14.499773 14.499773 11.896245

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-24 17:00:00 13.671875 13.671875 15.399380
2021-04-23 17:00:00 20.120120 20.120120 15.591258
2021-04-22 17:00:00 17.070218 17.070218 15.579599
2021-04-21 17:00:00 14.304636 14.304636 15.782348
2021-04-20 17:00:00 11.805556 11.805556 15.699924
2021-04-19 17:00:00 9.333333 15.066667 15.784201
2021-04-18 17:00:00 18.677686 18.677686 16.060086

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-24 17:00:00 29.032258 29.032258 28.589392
2021-04-23 17:00:00 27.607362 27.607362 28.312416
2021-04-22 17:00:00 22.674419 22.674419 28.794853
2021-04-21 17:00:00 34.328358 34.328358 29.384998
2021-04-20 17:00:00 14.893617 21.671827 29.055715
2021-04-19 17:00:00 75.280899 75.280899 29.497420
2021-04-18 17:00:00 16.384181 16.384181 29.383794

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-24 17:00:00 14.898489 26.794784 26.497860
2021-04-23 17:00:00 73.352232 26.834327 26.223995
2021-04-22 17:00:00 23.981900 23.981900 26.084230
2021-04-21 17:00:00 31.913652 31.913652 25.916029
2021-04-20 17:00:00 20.685053 20.685053 25.720222
2021-04-19 17:00:00 21.971706 41.556145 25.517375
2021-04-18 17:00:00 22.743574 22.743574 25.381853

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 7.298881 7.298881 10.311532
Basilicata 21.536351 21.536351 22.327703
Calabria 16.253361 16.253361 13.596531
Campania 10.898651 10.898651 11.361919
Emilia-Romagna 25.665102 25.665102 28.083616
Friuli Venezia Giulia 10.548087 10.548087 11.481495
Lazio 6.786384 6.786384 6.566027
Liguria 12.590253 12.590253 12.339516
Lombardia 14.036898 14.036898 16.106033
Marche 12.494558 12.494558 13.616391
Molise 10.132159 10.132159 6.931020
P.A. Bolzano 6.614447 6.614447 5.493851
P.A. Trento 25.597270 25.597270 35.831646
Piemonte 12.299625 12.299625 15.574818
Puglia 35.154062 35.154062 39.528971
Sardegna 8.710562 8.710562 9.345535
Sicilia 12.196480 12.196480 12.336877
Toscana 10.217968 10.217968 10.805863
Umbria 13.671875 13.671875 15.399380
Valle d'Aosta 29.032258 29.032258 28.589392
Veneto 14.898489 26.794784 26.497860

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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